Existem seis Grupos de Trabalho no Instituto criados através da Portaria IEASC n° 5/99 e um criado pela Portaria IEASC nº 1/06 (Eletrônica Molecular), além de dois grupos instituidos por meio de projetos específicos aprovados por órgãos de fomento. Seus temas e coordenadores são:
A finalidade desses grupos é o estabelecimento de programas de atividades bianuais a se constituírem em partes integrantes e cooperativas do IEASC, complementando os programas já existentes.